Atsiskaitymo su VU tvarka nustato, kad fakultetas padaliniams, su kuriais reikia atsiskaityti, pateikia būsimų absolventų sąrašus. Šie padaliniai patikrina, ar absolventai jiems yra skolingi, ir, jei taip yra, sudaro skolingų absolventų sąrašus ir išsiunčia juos fakultetams likus 5 darbo dienoms iki jų diplomų įteikimo dienos. Kadangi „skolininkų“ sąrašų sudarymas užima nemažai laiko, rekomenduojama atsiskaityti su padaliniais kiek galima anksčiau (bent porą dienų) nei likus 5 darbo dienoms iki diplomų įteikimo dienos. Informacijos apie tikslesnius atsiskaitymo su padaliniais terminus prašome ieškoti padalinių tinklalapiuose arba teirautis administracijos darbuotojų.

Absolventams, iki nustatyto termino neatsiskaičiusiems su nurodytais padaliniais, vėliau atsiskaityti leidžiama tik naudojant atsiskaitymo su VU lapelį. Gavęs iš padalinių informaciją apie absolventų įsiskolinimus, fakultetas leidžia neturintiems įsiskolinimų absolventams pasirašyti registracijos žurnale ir išduoti diplomus nereikalaudamas iš jų atsiskaitymo su VU lapelio, o turintiems įsiskolinimų absolventams leidžia pasirašyti registracijos žurnale ir išduoti diplomus tik jiems pristačius į fakultetą atsiskaitymo su VU lapelį su įsiskolinimų likvidavimo žymomis (atitinkamų padalinių antspaudais ir parašais).

Atsiskaitymas su padaliniais apima įvairaus pobūdžio skolų grąžinimą: atsiskaitymas su biblioteka – paimtų leidinių grąžinimą, delspinigių (už ne laiku grąžintus leidinius) sumokėjimą, kt.;

atsiskaitymas su Bendruoju skyriumi ar VšĮ „Vilniaus universiteto būstas“ – mokesčio už kambario nuomą sumokėjimą, kt.;

atsiskaitymas su VU SA – Lietuvos studento pažymėjimo (LSP) grąžinimą, kt.;

atsiskaitymas su fakultetu – įmokos už studijas sumokėjimą, kt.

Atsiskaitymas su Vilniaus universitetu.